Der Klangkörper hat seine Wurzeln im 1841 gegründeten „Dommusikverein und Mozarteum“ und wurde unter Mithilfe von Constanze Mozart ins Leben gerufen. Es war ursprünglich das Orchester der Studierenden der Musikschule und späteren Akademie Mozarteum. Es trägt seit 1908 die heutige Bezeichnung.
Im Jahr 1939 löste sich das Mozarteumorchester Salzburg von der damaligen Akademie und wurde zum Orchester von ausgewählten Berufsmusikern und zur selbständigen Institution. Im Jahr 1958 wurde es zum Symphonieorchester von Stadt und Land Salzburg erweitert und zählt heute zu den führenden Symphonieorchestern Österreichs. Chefdirigent ist seit 2004 Ivor Bolton, seit Februar 2014 fungiert Thomas Wolfram als geschäftsführender Direktor.